1998-1999赛季德甲联赛前9轮法兰克福队4胜5平保持不败，于毅继续高光表现4球4助攻成为球队的领军人物，然而法兰克福在10月份收到中国足协的钱后俱乐部主席无可奈何同意于毅去泰国参加亚运会，结果十月份少了于毅的法兰克福队好像少了主心骨一样，不会踢球了遇到了五连败。
    1998年11月份至12月初于毅回归后球队又满血复活，15-20轮联赛法兰克福队2胜4平，于毅在6场比赛中虽没有进球但有4次助攻加上防守稳健，球队这6场比赛中一球不失，其中有两场分别和拜仁以及多特蒙德互交白卷逼平这两个强大对手。
    从1998年12月中旬-1999年2月中旬德甲联赛进入冬歇期，期间于毅又回囯参加国家队的贺岁杯和泰王杯3月份的4场德甲联赛法兰克福队1平3负，而3场失利的比赛正好是于毅缺席的三场，进入4月份法兰克福面对波鸿等弱队法兰克福一波5连胜，而他回国代表国奥队比赛的5月份法兰克福又是5连败收关，法兰克福最终11胜10平13负积43分，排名联赛13名，值得注意的是于毅代表球队出场21场球队保持不败，于毅8球11助攻的表现成为球队得分王和助攻王是球队绝对的核心球员。
    1999-2000赛季德甲联赛8月份法兰克福队4连胜，9月份于毅回国参加奥运会预选赛球队又回到上赛季的节奏5连败了，好在10月初至11月中旬8场比赛，于毅一回归球队马上迎来一波8连胜又保持不败了。
    1999年11月中旬至2000年1月中旬又是2个月的冬歇期，这是德甲联赛的传统。
    从2月至5月进行下半赛季德甲联赛，于毅因为在代表国奥队比赛时和裁判的冲突被国际足联从1月15日至5月15日禁赛4个月错过了16场德甲联赛，法兰克福16连败，可以说没有于毅的法兰克福完全不知道如何踢球了，球队患上了严重的于毅依赖症。
    解禁复出后的于毅正好赶上了5月25日的最后一场比赛，球队12胜21负积36分排在联赛倒数第一，要想保级必须自己在最后一轮4球以上大胜科特布斯队，还要15至17名三个竞争对手不胜，难度非常的大。
    然而于毅在这场比赛大爆发上演大4四和1次助攻，法兰克福队5：1大胜科特布斯队，正好竞争对手非平即负，这样一来球队13胜21负39分排15名惊险保级成功。
    于毅出战13场比赛10球2助13战全胜，从1998年2月至2000年5月加盟法兰克福后2个半赛季为球队出战46场比赛表现突出23球16助攻，而他参加的46场比赛法兰克福29胜17平保持不败，可想而知法兰克福队患有多么严重的于毅依赖症。
    于毅被主教练马加特叫到办公室，他心里想着一定是自己帮助球队保级成功了，教练要表扬自己和自己续约，他越想越高兴然而到了办公室让他感到意外的事情发生了：
    “于，来了，坐下我们谈谈。”
    “好的。”
    “非常感谢你为球队做出的贡献。”
    “马指导，这都是我做为球员应该做的，谢谢你对我的信任，让我成为球队队长，非常感谢。”
    “很遗憾，于，告诉你一个很不幸的消息，你的合同到期了，你可以找下家俱乐部了。”
    “为什么，你之前不是答应过我要和我续约的吗？”
    “你是我们球队的定时炸弹，知道吗？”
    “我做了对不起球队的事情了吗？”
    “没有。”
    “那么为什么你们说话不算数？”
    “你不觉得你三天两头去国家队参加比赛对我们影响很大吗？”
    “国家利益高于一切，我有错吗？”
    “但也不能国家队的什么比赛都参加吧。”
    “只要国家队需要我就要参加。”
    “这就是你的态度吗？”
    “是的，为国家队效力是每个足球运动员最光荣的时刻。”
    “你可以滚了，和你没法沟通，要不是你动不动去国家队，我们不可能一直保级，早就参加欧冠了。”
    “你这话说的太不中听了，好像我不应该去国家队比赛，你觉得一个优秀球员会一门心思全身心的一直投入在俱乐部比赛中吗？”
    “你是很优秀，但你们国家足球水平很落后，就你们国家想参加世界杯根本就是不可能，永远不可能。”
    “你们国家在足球领域就是扶不起来的阿斗，是东亚病夫，说实话以你的水平来说，生在中国我都觉得太可惜了。”
    “我们国家足球水平是落后，但这是暂时的，请你不要侮辱！”
    “我说的是实话，可惜你们国家只有你一个于毅，要是有十个二十个于毅别说进世界杯了，就算世界杯小组出线都小菜一碟。”
    “你不要光说我，难道队里其他球员都没有国家队比赛任务，我才不信。”
    “其他队员有啊，但也不像你只要国家队的比赛都要参加，所以是你有问题，是你自己没有处理好国家队和俱乐部的关系。”
    “说来说去还是你对我来自东方球员的偏见，我要是不去国家队比赛，我们国内足协包括球迷如何看我，在我眼里就是国家队高于一切”
    “那你只去踢国家队比赛好了，还在俱乐部踢什么，猪脑子。”
    “我尊重你是教练，不然早对你不客气了，马指导，请你嘴巴放干净点。”
    于毅和马加特你一言我一句，说着说着，两人从动口到动手打起来了，范托马斯、米哈伊诺维奇等人得知情况后马上过来劝架。
    这事情惊动了德国足协，要不是队员们劝架后果不堪设想。
    本来德国足协想惩罚于毅，但考虑到他马上要离开德甲就没有处罚，只是表示于毅以后永远不准参加德国联赛，而法兰克福也念在于毅为球队做出的贡献也没有对他处罚，由于和主教练马加特有不可化解的矛盾，加上德国足协的规定，于毅无可奈何只好离开法兰克福。