柯南、灰原哀和元太三人目睹了七号车厢b室内发生了一起枪击案。
一开始柯南几人认为可能是这辆神秘列车的推理谜题开始了，然而却被列车工作人员告知要在一小时后才会通过对讲机开始进行推理谜题。
那么七号车厢b室内发生的枪击案，很有可能是真的案件。
但是当柯南几人找过去的时候，却震惊的发现七号车厢竟然消失不见了。
柯南找到列车工作人员，将他们看到的事情的经过告诉了列车工作人员。
然而工作人员并不怎么相信：“我想你们直接去各个车厢里看看吧，每辆有客房的车厢走廊最后面都有待命的像我一样的车长，而且我想你们肯定是搞错了，这台列车，因为老板的意图所以每辆车厢都不会在车内显示编号。
多亏了这个设计，很多客人都搞不清楚自己的房间到底在哪里呢，我们车长为此引导的很辛苦呢。”
这时候一扇门的铃响了，列车工作人员去提供服务去了。
光彦好奇的说道：“原来按响房内的呼叫铃，房间外的灯就会亮啊，车长就会去查看诶。”
元太兴奋道：“好酷哦，我等会儿也要玩一下！”
柯南严肃的对元太说道：“现在的重点是找出消失的七号车厢，我们赶快去确认！”
灰原哀眉头紧皱着。
刚才那个右脸上有伤疤的男人，很明显就是伤疤赤井。
又有人假扮伤疤赤井，是那个组织已经出动的波本吗？
还是说...是另有其人。
不过无论是谁，这个伤疤赤井出现在这趟列车，目标很有可能是她。
步美担心的问道：“小哀，你因为感冒身体不舒服吗？”
灰原哀叹了口气：“不，我没事，刚刚已经有吃药了。”
“那走吧。”
步美拉住灰原哀的手朝着前方跑去。
找了一圈后，柯南几人终于找到七号车厢。
然而打开七号车厢的b室门，却依然还是本该待在八号车厢的毛利兰三人。
不过这一次，柯南已经发现了事情的真相。
经过柯南的推理，毛利兰三人也收到了和他们类似的信件。
毛利兰、铃木园子和世良真纯也承认了，她们的确收到了一封信件。
在收到的信件上写着七号车厢的b室之中，有扮演被害人的乘客等着她们，让她们演共犯跟他交换房间，让谜题更难更有趣。
所以那位负责演被害人的乘客和她们交换了房间，世良真纯正好经过，于是也加入了毛利兰和铃木园子一起玩推理游戏。
毛利兰猜测道：“现在那位演被害者的乘客，应该还待在八号车厢里面吧？”
柯南疑惑的问道：“对了，小五郎叔叔和神谷哥哥人呢？”
铃木园子回答道：“负责演被害人的乘客，要叔叔和神谷先生去餐厅车厢待命，不在这里。”
“餐厅车厢？”
毛利兰点了点头：“对方好像希望爸爸担任这场谜题游戏中最后负责解说的名侦探，而神谷先生是侦探助手，所以请他们暂时去餐车待命了。”
世良真纯走到了灰原哀的面前打招呼道：“对了，我们是第一次见面吧？你就是那位叫灰原的孩子吧？我一直很想找个机会好好的跟你说说话呢。”
灰原哀躲在了柯南的身后，虽然雷达没有启动，但是灰原哀感觉世良真纯不是个好东西。
世良真纯突然一惊一乍的大喊道：“什么人！”
世良真纯冲出了房间左右查看。
铃木园子询问道：“怎么了？”
“刚刚我觉得好像有人隔着门口在往我们这里偷看，我想太多了吗？”
世良真纯没有看到人就回房间了，顺便把门给关上了。
而在拐角处，伤疤赤井赫然在墙边靠着。
...
餐厅车厢。
“哎呀，料理和酒都太美味了啊，你说是吧，神谷老弟。”
“对啊，还真是不错，干杯！”
神谷皆月拿起红酒杯和毛利小五郎碰了下杯。
毛利小五郎突然指着窗外说道：“嗯，神谷老弟，你看，那边山上好像烧起来是吧？”
神谷皆月看了一眼：“说不定是哪个小屁孩放火点的吧，柯南那个小鬼就像是能做出那种事来的家伙，只不过现在他现在在列车上，不然我就怀疑他了。”
毛利小五郎非常认同道：“确实，柯南那个小鬼头可麻烦了。”
...
另一边的柯南一行人，向列车工作人员表明他们已经解开了谜题。
然而列车工作人员却表示他们的谜题都还没有开始出题。
柯南把收到的信件的卡片给列车工作人员看。
列车工作人员表示这信件的确和之前使用的指示卡片是一样的设计，但是这谜题写的内容跟他要听到的要使用的谜题内容是完全不同的。
铃木园子纳闷道：“这到底是怎么回事啊？”
世良真纯提议道：“事到如今，我们也只能直接前往八号车厢问问负责演被害人的乘客室桥悦人先生了。”
然而抵达了八号车厢之后，大家惊讶的发现门被锁链锁起来了，同时通过门缝震惊的看到室桥悦人手上拿着手枪，瘫在沙发上，太阳穴流着大量的血液。
铃木园子还以为室桥悦人又是在演戏。
柯南和世良真纯发觉了不对劲，在房间内闻了闻：“硝烟的味道！”
“什么？”
如果有硝烟的味道，那么在房间里的确开过枪，那么这次的事件，很有可能是真的！
世良真纯和柯南合力将门锁链破坏，强行进入了房内。
世良真纯检查后严肃的说道：“看来他确实已经死亡了，真正意义上的死亡。”
柯南观察着四周，这起案件，完全就是密室杀人事件！
很快因为屋内的动静，导致房间外已经围满了人，询问着列车的谜题是不是开始了。
世良真纯说明情况，让工作人员停驶，并告诉车上的乘客警察到来之前谁也不能离开房间。
就在这时候，灰原哀的雷达启动。
灰原哀看到了伤疤赤井从身边的过道走过，而且凶恶的眼神直勾勾的看着她。
灰原哀心跳不断的加速，在心里惊恐的想着：“他看着我...看着我...这个家伙知道我的身份吗？不然没道理会这么看着我的啊。”
同时灰原哀感觉到了，这台列车之中，绝对不止一个黑色组织的成员存在！
也就是说，现在她，身处牢笼！